韦姓始祖于明洪武年间从浙江景宁道化迁青竹岭坑底（后称南门坑底），卓氏始祖于清康熙三年(1664)从福安县韩阳坂因水灾迁居南门坑底(今清源村)。
1950年11月设清源乡属第一区（鳌阳区）。
1958年划归鳌阳区登丰公社清源大队。
1965年撤区并社，归岱阳公社清源大队。
1981年归清源公社清源大队。
1984年撤社建乡，改为清源乡清源村委会。
2017年9月19日，经福建省人民政府（闽政文【2017】318号）批复，同意寿宁县撤销清源乡，设立清源镇，改为清源镇清源村委会。
2018年翻新。