清源村，是清源镇政府所在地，原名南门坑底（历史上南门坑底、姜厝、外韦三村总称青竹岭)，卓氏家谱中有“泉何不浊，惟源本清”的记载，村故依此得名。
清源村聚居卓、韦两姓。康熙三年（1664），卓氏始祖因水灾从福安县韩质迁居南门坑底定居繁衍，至今已有340多年。韦氏原住浙江景宁道化，400年前因水灾迁入青竹岭堡坑底村。该村卓姓人口最多。卓麟英（1826-1890）于清朝咸丰年间（1851-1861）组织乡勇保境安民，防御太平军有功。清朝廷钦授三品武义都尉、福宁府参将。
清源村现留有清代古民居建筑十余座，其中卓麟英建造的“武翼第”（卓家大院）规模宏大。该屋起建时占地十余亩，下水道全部用手工雕凿的方块石组拼而成，能容一人进出；东西南围墙高10余米，墙面宽2.6米，墙头按等距离建有墙楼室，宽可跑马。此外，清源卓秉嵩于1760年在清源、外韦、姜厝三村水尾建造石桥。咸丰三年（1853）其派下子孙改建为石拱桥。碑刻名为“嵩翁桥”。1992年旧石桥基础上修建二层砖混结构廊桥，设神龛塑佛像，群众不时前往祭祀，香火连绵不断。
清源村海拔908米，全村地域面积7.7平方公里，其中农田860亩、山场4703亩、茶园2300亩；全村总人口2114人，675户，辖清源、姜厝、底洋仔3个自然村；常住人口352户，601人。