1949年前属吴乾保，1949年至1952年属奥杳村人民政府管辖，1953年至1957年属奥杳乡人民政府管辖，1958年至1961年设奥杳管理区，1961年5月设四个大队为吴屋大队，1965年冬又拼为奥杳大队，1968年冬至1978年冬设奥杳大队革命领导小组，1977年又分为四个大队为吴屋大队，因原有大队部建有学校一所，大队部设在学校旁，而取名为新学大队，1984年8月建乡称为湖坑乡吴屋村民委员会。
1993年撤乡设镇后，改称为湖坑镇吴屋村民委员会至今。