明、清属溪南里。
民国时期属第二区、溪南区，并区后属第一区，后又称大院乡。
1949年新中国成立后属金砂区、溪南区、第八区。
1957年，改称仙师乡。
1958年改仙师公社。
1966年至1976年时称立新公社。
1980年复称仙师公社。
1984年改称仙师乡，辖仙师、务田、兰岗、锦丰、石鼓、恩全、华侨、三坝、金寨、大阜、秀富、书华、九坑、西洋等14个村委会。
1989年9月，从务田村划出大坪、岭背、车前坝、杨梅下4个自然村设大岭村。
2000年，因移民安置，撤销华侨村，增设华坊、新侨两个村。
2014年10月，福建省政府下文批复同意永定县撤销仙师乡，设立仙师镇。
设立的仙师镇，以原仙师乡的行政区域为仙师镇的行政区域，政府驻地不变。