六鳌宋代属安仁乡含恩里。
元代设青山巡检司。
明代属十五都。
明洪武二十一年（1388年）设陆鳌守御千户所，属于军事编制，隶属镇海卫。
陆鳌守御千户所人口属于军籍，明代前期对抗御倭寇入侵起到重要作用。
至康熙十八年“复界”，许多村民没有回居陆鳌，人口大减。
康熙三十九年重新编定保甲，陆鳌、龙澳二保并编为龙鳌一保。
民国初年实行“里邻”制度，全半岛编为六鳌里，初属东区管辖，后划属第一区（区署设在旧镇）。
1940年设六鳌乡，辖下营、城江、鳌西、鳌东、大澳、龙南、龙北7保。
1944年，龙南龙北并为龙美保，大澳改为墩澳保。
新中国初期，六鳌属第四区(旧镇区)，1952年改属第九区（深土区），分为鳌中、下寮、顶大澳、龙美4乡。
1958年3月合为六鳌乡，9月改属深土公社，设六鳌管理区。
1961年7月成立六鳌公社，1984年9月政企分开，改为六鳌乡。
1992年2月六鳌乡改六鳌镇并沿用至今。