唐宋时代属漳浦县安仁乡含恩里。
明清时代属十五都。
清代编为金泥、钱塘2保。
金泥即深土，金泥保辖沿海一带，钱塘即塘头，钱塘保辖塘头以上至灶山下一带。
乾隆三十二年（1767年）在2保之间社墟市，取二保保名各一字，名为金塘墟。
“金塘”逐成为总地名。
1940年设金塘、东宗2乡，金塘乡辖月屿、亭里、后雄、保安（以上今属赤湖镇）、前雄、塘边、墩东、墩西、大肖、南境、塘头、龙店12保，东宗乡由东庵、八宗2联保合并而成，辖深土、东庵、后戴、西丹、庵下吴、雄霞、竹屿7保，民国33年东宗乡合并于金塘乡，所辖19保合并为墩柄、大肖、塘头、南境、大店、龙霞、保安、车敖、东庵、西陂、林前、锦东、深土、埭头、竹屿15保。
新中国成立后撤销金塘乡，将其原来辖域划属第六区（赤湖区），1951年8月增设第九区，区公所设在深土自然村，其辖域包括今深土、六鳌2镇。
1955年12月改名为深土区，1958年9月成立深土公社，下分设深土、大肖、车敖、六鳌4管理区。
1961年7月撤销管理区，深土公社分为深土、车敖、六鳌3公社。
1964年9月，车敖公社合并于深土公社，共辖墩柄、大肖、东吴南境、院前、塘头、深土、埭头、大店、塔底、锦江、示埔、车敖、山边、山尾、庵下吴、东庵、埭厝、东坪19个大队。
1981年，深土公社驻地迁于山边村，1981年8月深土公社改为深土乡，所属各大队改为村，共19村，辖67社（自然村）。
1982年2月改为深土镇并沿用至今。