原阿克塞哈萨克族自治县位于海拔2800米的博罗转井沟，处在阿尔金山的冲击扇地区，居住在县城的人们，除了少数人以正常职业维持生计外，游牧为当地人的主要生存方式；1953年敦煌县以南的海子为中心地区置阿克塞哈萨克族自治区筹备委员会，1954年4月26日成立阿克塞哈萨克族自治区（县级），驻博罗转井。
1955年改名为阿克塞哈萨克族自治县；1995年1月，国务院批准同意阿克塞县政府驻地由博罗转井镇迁至红柳湾镇。
1996年初，新县城建设工作全面启动。
1998年县城正式由博罗转井镇迁至红柳湾镇。