其前身为杨家堡村和水库村。
杨家堡村1950年建政，属四区五乡三行政。
1955年建红光初级社。
1956年并入水库高级社。
1958年为敦煌人民公社河西大队水库生产队。
1961年建杨家堡大队。
1966年更名为红卫公社立新大队。
1969年恢复原名。
1983年3月改置村。
水库村有3个村民小组。
清雍正年间，水库村从甘肃省河州（清代河州属兰州府，与当时的狄道州并列。
河州当时的管辖范围为现在我省的东乡撤拉族回族自治县、和政县、夏河县、临夏市、永靖县及青海省的循化撒拉族自治县。
（注：河州存在时，上述地方并没设县治）迁入移民，建新河州坊。
孟家桥乡与肃州镇接壤处曾有一湖，地处戈壁，四面环沙，为地下泉水汇集而成。
虽湖面宽广，于民溉田水量却很有限。
1949年后，县上组织人员在湖内修建两座水坝，积蓄湖水灌溉笆子场以及下游的大片良田，一个简易的蓄水库就这样形成了。
虽然水量不大，但它是敦煌县修建最早的蓄水库，后来，人们称此地为水库村。
水库村1950年建政时为四区五乡四行政。
1955年和11、12、13行政村组成水库初级社。
1957年和杨家堡并为高级五社。
1958年为敦煌人民公社河西大队第八中队。
1961年建水库大队。
1983年3月改置村。
2007年1月省入杨家堡村。