盐茶村前身为盐茶村和秦州村。
盐茶村土改时为五区二乡一行政。
1955年建盐茶初级社。
1957年扩建为盐茶高级社。
1958年为敦煌人民公社红敦大队三中队盐茶生产队。
1961年改名为吕家堡公社盐茶大队。
1966年又更名为红敦公社红旗大队。
1969年又恢复为盐茶大队。
1983年3月改置村。
秦州村农户是清代秦州（现在的天水市）的徙民于此建秦州坊，后村以坊名。
土改时属五区一乡三行政。
1955年成立秦州初级农业社，后和盐茶合并为高级农业社。
1958年改名为敦煌人民公社红敦大队一中队盐茶生产队。
1961年为吕家堡人民公社秦州大队。
1966年更名为红卫大队。
1969年又恢复为秦州大队。
1983年3月改置村。
2007年9月，秦州村省入盐茶村。