该村成立于1953年，行政区划调整后，称张掖县碱滩乡甲子墩大队，1958年撤县建市，称张掖市碱滩乡甲子墩大队，1961年恢复张掖县，称张掖县碱滩乡甲子墩大队。
1962年改为碱滩公社甲子墩大队，1970年6月恢复为碱滩公社甲子墩大队。
1983年11月更名为碱滩乡甲子墩村民委员会，2002年1月撤乡建镇，称张掖市碱滩镇甲子墩村民委员会，2002年7月张掖市撤市成立甘州区，更名为甘州区碱滩镇甲子墩村民委员会至今。