西汉至十六国“五凉”时期，九墩镇境域分属武威郡休屠县和姑臧县，休屠县治所即今四坝镇、九墩镇一带。
北魏至隋初，属武威郡林中县和襄城县。
唐宋年间，归姑臧县。
元时，属永昌路西凉州。
明清时期，先后归凉州卫和武威县。
民国元年（1912年）后，属武威县双城乡。
1949年9月后，属白塔、双城区。
1952年7月，属第六区（双城）。
1956年1月，为九墩乡。
1958年10月，属下双公社。
1962年，成立九墩公社。
1983年7月，设九墩乡。
2018年3月，撤乡，设九墩镇。