西汉至十六国“五凉”时期，清水镇境域属武威郡姑臧县。
北魏至隋初，属武威郡林中县。
唐宋年间，归姑臧县。
元时，属永昌路西凉州。
明清时期，先后归凉州卫和武威县。
民国元年（1912年）后，分属武威县白塔、大河乡。
1949年9月后，芦白塔、大河区。
1952年7月，属第十四区（清源）、四区（白塔）。
1956年1月，为清水乡。
1958年10月，分属大柳、清源公社。
1962年，成立清水公社。
1983年7月，设清水乡。
2015年9月，撤乡，设清水镇。