金正大六年（1229年），为巩昌府治。
元中统二年（1261年），为巩昌路便宜都总帅府治。
清康熙六年（1667年），为巩昌布政使司治。
1949年11月，设城关区。
1959年5月，成立城关公社。
1965年5月，分设为城关镇和城关公社。
1970年8月，城关镇并入城关公社。
1980年8月，镇、社分设。
1983年7月，城关公社改乡。
1985年4月，城关镇更名巩昌镇，城关乡更名南安乡，后南安乡改镇。
2004年6月撇乡并镇，南安镇、昌谷乡及渭河镇村并入巩昌镇。