西魏，伯阳县设于境内。
隋，改秦县。
唐代，撤销。
民国元年（1912年）后，属第二区。
民国二十六年（1937年），设伯阳南乡。
民国二十九年（1940年），分为伯阳镇和柏林镇。
民国三十三年（1944年），又合为伯阳镇，今清水县草川铺乡南部当时属伯阳镇辖区。
1950年，分设为伯阳镇、柏林乡、东坪乡。
1951年，伯阳镇改乡，并分置石门乡。
1954年，再分设东坪乡和巩坪乡。
1955年，设为伯阳、东坪、石门3乡。
1956年，东坪并伯阳，石门并元龙。
1958年9月，伯阳并入马跑泉公社。
1960年，改归葡萄园公社。
1961年，设伯阳、石门2公社。
1968年，石门北部并元龙，南部并伯阳。
1983年12月，撤销公社，成立伯阳乡。
2002年，撤乡建伯阳镇。