夏、商属雍州。
周孝王十三年（前872）建邑于秦，即在县境。
周庄王九年（前688），秦武公伐邽戎，置邽县。
汉武帝元鼎二年（前115），置清水县。
汉明帝十七年（74），清水并入陇县。
三国曹魏复置清水县。
属广魏郡。
晋武帝泰始五年（269），清水县属秦州略阳郡。
隋文帝开宝三年（583）清水县属天水郡。
唐高祖武德四年（621）清水县属邽州。
宋神宗熙宁八年（1075），清水县属秦凤璐凤翔府秦州所辖，金泰总天会七年（1129），清水县属凤翔路西宁州所辖。
元朝清水县属陕西行中书省巩昌总帅府秦州所辖。
明朝清水县属山西布政使司巩昌府秦州所辖。
清朝清水县属甘肃布政使司秦州直隶州所辖，1913年，清水县属渭川道（渭川行政公署）所辖。
1935年，属甘肃省第四行政督察专员公署所辖。
1949年属陕甘宁边区政府天水分区所辖。
1949年10月，原甘肃省天水分区行政督察专员公署所辖。
1958年为清水回族自治县。
1961年恢复清水县。
1969年属天水地区革命委员会所辖。
1978年属天水地区行政公署所辖。
1985年属天水市所辖至今。