西汉元鼎二年（公元前115年），析上都增置清水县，戎邑道，戎邑道治所就在今黄门乡。
北宋太平兴国四年（979年），置冶坊寨（今黄门乡王店村）。
南宋建炎三年（1129年），金升冶坊寨为县（今黄门乡王店村）；嘉定八年（1215年），冶坊县隶属凤翔府秦州；咸淳六年（1270年），废冶坊县并入清水县。
民国元年（1912年）后，属上邮镇。
1950年，属上掷区黄门乡。
1952年，设黄门区黄门乡。
1958年，为黄门公社。
1983年，公社改乡。
2015年11月，撤乡设镇，镇政府驻地及行政区域管辖范围不变。