新中国成立前，属于部落头领管辖，主要有亚拉格和贺郎格两大部落统管。
1950年2月，明花乡与祁连直属乡合并设立祁明区，下设五个乡，属现酒泉市肃州区管辖。
其中在明花乡有明海乡和莲花乡（含前滩）。
1954年肃南裕固族自治县成立时，划归肃南县，同年单独设立明花区，辖明海、莲花、前滩三个乡。
1958年改称红星人民公社，辖前滩、明海、莲花三个生产大队。
1959年与祁丰合并设立祁明人民公社，1960年夏与祁丰分离设立双海人民公社。
1961年双海人民公社分设明海、莲花（含前滩）两个公社。
1962年机构调整后复设明花区公署，辖前滩、明海、莲花三个人民公社，1967年更名为南泥湾区，1971年恢复原名称，区公署仍然设在莲花乡黄土坡村境内。
2001年12月区公署搬迁到明海乡许三湾村。
2004年12月撤区并乡，撤销明花区公署，将原明花区的明海乡、莲花乡、前滩乡合并为明花乡。
2011年11月25日明花乡人民政府搬迁至许三湾村。