碧玉乡所辖的新城和下店子由于历史原因曾有过多次变革，除碧玉上店子一直保留在通渭县管辖之外，下店子和新城在清朝以前一直属于秦安县管辖，民国二年（1913年）将下店子和新城划归通渭县管辖，在上店子设碧玉镇；民国二十三年（1934年）又将下店子和新城划归秦安县管辖；1951年再次将下店子和新城划归通渭县碧玉镇管辖，现在的碧玉关改名碧玉乡碧玉村（含下店子）。
1983年为碧玉村村民委员会。
2017年8月7日撤乡设镇，属碧玉镇至今。