1949年文县解放，1951年全县调整为6区46乡，属碧口区肖家乡辖。
1953年6月全县调整为9区70乡，仍属碧口区肖家乡辖。
1955年10月合并区、乡机构后，今肖家沟村仍属肖家乡辖。
1958年12月成立碧口公社，为碧口公社肖家沟大队。
1961年公社划小，为中庙公社肖家沟大队。
1983年10月中庙公社改为中庙乡，属中庙乡辖。
1984年4月肖家沟大队改为肖家沟村，村下建合作社。
1986年设立肖家沟村村民委员会，所属合作社改称村民小组。
2016年中庙乡改为中庙镇，属中庙镇。