据史书记载，大约在八世纪，吐蕃王朝委派镇守边疆的木擦大将军在此委任，其后裔居住在拉卜楞盖格多岗，此后又迁至如今桑科“擦尔杂”。
1719年建立拉卜楞寺后为寺院部众。
1949年9月22日，夏河县人民委员会成立时，设立桑科直属乡辖。
1955年12月26日，甘南藏族自治区变更为甘南藏族自治州，桑科乡仍直属夏河县。
1983年9月，撤销桑科人民公社管理委员会，成立桑科乡人民政府，2017年3月份由于撤乡建镇，桑科乡更名为桑科镇，沿用至今。