西汉时，置天陵县。
西晋时，设有新乡县，均治昌马。
北周时，并会稽、延兴、新乡为会稽县。
隋时，改会稽县为玉门县。
唐时，为樊梨花割据，西有寒江关，关在石包城。
此后虽有变更，但均沿属玉门。
1949年以前，为玉门县昌马乡。
1949年，设玉门县昌马区。
1953年，又分上窖为上窖、戈壁2乡。
1955年，撤区并乡，设上窖、下窖、西河3乡。
1956年，下窖乡并入西河乡。
1958年9月，成立东风公社；同年11月，东风公社改为昌马公社。
1983年3月，昌马公社改乡。
2005年，昌马乡并入赤金镇。
2010年6月7日，恢复昌马乡。
2018年，昌马乡撤乡建镇。