明朝属石佛里，清朝属广积里，1846年改里设马渠塬镇，1935年撤里设区镇，马渠属第四区，仍设马渠镇。
1940年3月陕甘宁边区镇原县抗日民主政府在马渠镇成立，政府驻地油坊沟，下辖6个区，马渠为第四区。
解放后改为马渠区，1951年3月并入三岔区，1953年1月恢复马渠区，驻路家坬村，1956年4月改为基点乡，1958年9月属开边人民公社，1958年10月成立马渠人民公社，1983年12月改名为马渠乡，2019年8月撤乡改镇。