自秦始皇三十三年（前214年）设置番禺县后，钟落潭一直属番禺县管辖。
清代，钟落潭地区属慕德里司流溪都赤迳堡管辖。
民国时，钟落潭为番禺县第七区所在地。
中华人民共和国后，钟落潭先属禺北办事处管辖，后为番禺县第八区。
1958年1月，禺北地区划归广州市，成为广州郊区的一部分。
1958年8月，成立钟落潭人民公社。
1987年，改为钟落潭镇。
2004年6月，因白云区镇级行政区划调整，新钟落潭镇由原钟落潭、竹料、良田、九佛四镇合并而成。
2005年4月，因广州市行政区划再次调整，原九佛镇被划入新成立的萝岗区，现在的钟落潭镇范围主要由原钟落潭、竹料、良田三镇组成。