北宋年间（960年—1127年），磷溪分属海阳县怀德乡的秋溪都和水南都。
清光绪年间（1875年—1908年），分属海阳县的东厢都、秋溪都和水南都。
民国元年（1912年），都改为区。
民国十九年（1930年），属潮安县第四区。
民国三十五年（1946年），分属秋水乡和东厢乡。
1950年春，改称第四区（后洋堤村从饶平县割人澄海县，随后划入潮安县第四区）。
1952年，第十三区从第四区分出。
1957年，割涸溪归潮州镇。
1958年9月，撤第十三区，成立磷溪公社。
1960年，析为磷溪、福塘2公社。
1962年底，并为磷溪公社。
1983年7月，称磷溪区。
1987年3月，称潮州市磷溪镇。
1992年，称潮安县磷溪镇。
2013年6月28日，撤销潮安县，设立潮安区，并将原潮安县的磷溪镇、官塘镇、铁铺镇划归潮州市湘桥区管理。