古属潮阳县新兴乡，明、清至民国初属洋乌都。
民国十年（1921年），属第九区。
1952年8月，改为第十区。
1956年12月，撤区建乡，陈店区分为仙城、深溪、陈店、石桥头、大长陇5个大乡。
1957年11月，分为陈店大乡，辖金溪乡、大长陇乡。
1958年5月，大长陇乡（汕柄村除外）以及陈店乡的石港村划归普宁县。
1958年9月，陈店乡建立东风公社。
1959年，更名为陈店公社。
1961年10月，陈店公社析出仙城。
1983年12月，改称陈店区。
1986年11月，改为陈店镇。