镇域北宋时已有人定居，古时是南洋村的一部分。
澄海置县前，先后属揭阳县、海阳县、饶平县置县后，明清时期属县的苏湾都。
民国时期先后属苏南区、第二区，也曾分属莲中乡和莲北乡。
1949年10月5日，澄海解放，莲上归属苏南区。
1953年，归属第二区。
1956年，分属莲阳上乡和莲阳下乡。
1957年，归属苏南乡。
1958年9月15日，属澄海县公社第--支队，苏南公社。
1968年，属东方红公社。
1972年12月26日，从东方红公社中划出，设莲上公社。
1984年1月，全县实行“政社分开"，莲上公社改设为澄海县莲上区。
1987年1月，撤区建镇，莲上区改设为莲上镇至今。
1994年，澄海县撤县建市，莲上镇隶属澄海市。
2003年5月，澄海市改设为汕头市澄海区，莲上镇隶属澄海区。