宋朝末年有人定居。
前属海阳县苏湾都。
明成化十三年（1477）属饶平县。
明嘉靖四十二年（1563）属澄海县苏湾都。
1921年废都设区，属苏南区。
1938年属渡亭乡。
1946年属湾渡乡。
1950年属八联乡。
1952年属溪联乡。
1953年属二区渡亭乡。
1956年属潮港乡。
1957年属莲阳下乡。
1958年成立澄海县人民公社，属第一支队，潮港片合称110团。
1959年设沟内生产大队，属苏南人民公社。
1968年属东方红人民公社。
1972年属莲下人民公社。
1984年1月设区建乡，沟内、陈厝洲、新寮生产大队合设建新乡，属莲下区。
1986年11月撤区置镇，建新乡拆分为3村，设立沟内村，属莲下镇。
1990年9月设沟内管理区。
1998年12月设沟内村，沿用至今。