清光绪元年（1875），外砂王姓和新溪谢姓到此创村定居。
其地属南洋村竹林乡，住民皆改李姓，其村也隶于竹林乡。
历史上南份曾两次散乡：一次是1922年“八二”风潮，屋倒人亡；一次是1943年遭受日军血洗。
1950年独立设村，与海后、北村和东湾合称四联乡，属苏南区。
1951年属海滨区。
1953年与海后、北村合称海北乡，属二区。
1956年湾头片合称东湾乡。
1957年东湾乡改称湾头乡。
1958年成立澄海县人民公社，第一支队，南份与南湾合称101团。
1959年设南份生产大队，属苏南人民公社。
1968年属东方红人民公社。
1972年属湾头人民公社。
1984年1月设区建乡，南份、海后合设海后乡，属湾头区。
1986年11月撤区置镇，独立设南份村，属湾头镇。
1990年9月设南份管理区。
1999年6月设南份村。
2002年属莲下镇，沿用至今。