明朝中叶（约1460年），福建莆田马、丁、洪等姓到此创村定居，称三湾村。
前属饶平县。
明嘉靖四十二年（1563）属澄海县苏湾都。
清康熙二十五年（1686）三湾村改称湾兴村。
1914年湾兴村析为南湾、北湾和东湾三乡。
1921年废都设区，属苏南区。
1946年南湾与北湾、东湾、渡亭合称湾渡乡。
1951年属海滨区。
1953年属二区。
1956年湾头片合称东湾乡。
1957年东湾乡改称湾头乡。
1958年成立澄海县人民公社，属第一支队，南湾与南份合称101团。
1959年南份析出，设南湾生产大队，属苏南人民公社。
1968年属东方红人民公社。
1972年属湾头人民公社。
1984年1月设区建乡，南湾、南份合设南湾乡，属湾头区。
1986年11月撤区置镇，南份析出，设南湾村，属湾头镇。
1990年9月设南湾管理区。
1999年6月设南湾村。
2002年属莲下镇，沿用至今。