相传明朝初年福建莆田西石庵人迁此建村。
原属海阳县。
明嘉靖四十二年（1563）属澄海县中外莆都。
1921年废都设区，属上外区。
1946年称斗门，属上中乡。
1949年属上华区。
1953年岛门、山边、云桥合称岛门乡。
1956年岛门乡、沙坝乡、陇尾乡合称沙坝乡，属第一区。
1958年9月成立澄海县人民公社，属第三支队306团。
1959年设岛门生产大队，属上华人民公社。
1984年1月设区建乡，云乔、山边、岛门三村合设岛门乡，属上华区。
1986年11月撤区置镇，设岛门村，属上华镇。
1990年9月设岛门管理区。
1998年9月设岛门村，沿用至今。