元末明初，朱、唐二姓先祖相继移居至此创村。
前属海阳县苏湾都。
明成化十三年（1477）属饶平县。
明嘉靖四十二年（1563）属澄海县苏湾都。
1921年废都设区。
1932年称仙门乡，属第五区（东陇）。
1946年唐陇、梅洲、董坑、仙门合称水南乡。
1949年属苏北区。
1951年属溪南区水南乡。
1953年塘陇、仙门、仙市、梅浦合称塘陇乡。
1957年塘陇乡、梅洲乡、埭头乡、岱美乡合称水东乡。
1958年属国营南峙山果林场。
1962年设仙门生产大队，属溪南人民公社。
1984年1月设区建乡，仙门、塘陇、梅浦合设水东乡，属溪南区。
1986年11月撤区置镇，设仙门村，属溪南镇。
1990年设仙门管理区。
1998年9月设仙门村，沿用至今。