相传宋朝中叶，鸿沟里和附近陶内、环山里已有人居住。
宋理宗宝祐五年（1253），林致政从福建莆田宦游至此定居，是为鸿沟林氏始祖，繁衍成乡（村）。
前隶属海阳县怀德乡苏湾都，明成化十三年（1477）属饶平县苏湾都。
明嘉靖四十二年（1563）属澄海县苏湾都。
前全乡分为半埔社、巷口社、东厝社、后厝社、围内社、尾社、宫前、大厝内共8个社。
1921年废都设区。
1932年称鸿沟乡，属第六区（樟林）。
1946年属盐鸿乡。
1949年属苏北区。
1951年属盐坛乡。
1953年称鸿沟乡，属三区（苏北）。
1958年9月成立澄海县人民公社，属第二支队202团。
1959年属苏北人民公社。
1960年鸿沟生产大队析分为4个生产大队，设立鸿三生产大队。
1961年4月苏北人民公社析为东陇、盐鸿、十五乡3个人民公社，属盐鸿人民公社。
1984年1月设区建乡，设鸿三乡，属盐鸿区。
1986年12月撤区置镇，设鸿三村，属盐鸿镇。
1990年9月设鸿三管理区。
1998年9月设鸿三，沿用至今。