百侯原名白堠，这一名称，最早可见于旧寨里村“蔡仙人圳”水口旁的宋代石刻。
据明、清县志载：原在大产（今大东）所设巡检司署，后曾移驻此。
清朝康熙年间，当地进士杨之徐倡仪改“白堠”为“百侯”，取“白侯辖地，出百位封侯”之意，至民国初年正式采用“百侯”的名字。
民国时期先后置百侯区、梅河区署于此，前者包括今百侯、大东、枫朗、双溪4区域。
1952年，枫朗、双溪另立石云区。
1957年，分立大东乡。
1958年，大东乡又合并人百侯公社;。
1961年，析出大东公社。
至此，百侯自立社、区。
1986年冬，改为镇。