东晋咸和六年（331）立县，初名宝安，隶属东官郡。
唐至德二年（757）更名东莞，县治从芜城（今宝安南头）移至到涌（今莞城）。
南宋绍兴二十二年（1152）分东莞的香山镇立香山县（今中山市）；明万历元年（1573）将东莞守御千户所、编户五十六里立新安县（今深圳市宝安区），东莞地域随之缩小。
清沿明制。
民国期间，先后隶广东省粤海道、粤中行政区、第一行政区和第四行政区。
1949年10月17日，东莞全境解放。
初期属东江行政区管辖。
1950年3月，东莞县隶珠江专区。
1952年，撤销珠江专区，东莞县隶粤中行政区。
1956年2月，撤销粤中行政区，东莞县隶惠阳专区。
1958年11月，东莞县曾短期隶广州市。
1959年1月，撤销惠阳专区，东莞县划归佛山专区。
1963年6月，复置惠阳专区，东莞县又隶惠阳专区。
1985年9月，国务院批准撤销东莞县，设立东莞市（县级），仍属惠阳地区管辖。
1988年1月7日，国务院批复将东莞市升格为地级市，直属广东省管辖，沿用至今。