清朝同治十三年（1874年），属河源县永顺都许村约。
民国二十九年（1940年），属第二区，称船塘乡。
民国三十七年（1948年）5月，成立河西区行政委员会，成为河源县革命游击根据地之一。
民国三十八年（1949年）6月，属河源县人民政府第一区，称船塘乡。
1958年，成立船塘人民公社。
1978年，船塘公社分为船塘、三河、黄沙3个公社。
1983年，撤公社改称为船塘区。
1987年，设船塘镇。
1988年，隶属河源市郊区。
1993年，属东源县。
2003年，三河镇、黄沙镇并入船塘镇。