本辖区秦始皇三十三年（前214）属南海郡；秦末汉初属南越国；汉武帝元鼎六年(前111)置高要县。
此后南北朝梁天监六年(507)置高要郡；隋开皇九年(589)设端州，大业三年（607）改设信安郡；唐武德四年（621）复设端州，天宝元年（743）复置高要郡，乾元元年（756）改为端州；宋重和元年(1118)设肇庆府，元至元十六年(1279)改设肇庆路，明洪武元年(1368)复设肇庆府；明至清宣统三年（1911）一直设肇庆府；高要县城历为上述郡、州、府、路的治所。
民国时期先后隶属粤海道、西区、西北区、第三区、第十一区。
公元1935年设肇市镇，公元1940年改称肇庆镇。
中华人民共和国成立后至1988年，先后属西江专区、粤中行政区和高要、江门、肇庆专区及肇庆地区。
1949年11月、1958年4月，肇庆镇两次升格为肇庆市（县级），不久均撤销，仍属高要县。
1961年4月，肇庆镇再次升格为肇庆市（县级），辖镇南、狮山、宝月、双东、二桂、渔业6个公社。
1988年1月7日，国务院批准撤销肇庆地区，将肇庆升格为地级市，原肇庆市(县级市)行政区域设立肇庆市端州区。