清代，属茭塘司的大岭堡和圣堂堡。
清末及民国时，属岗尾社乡。
1949年10月，为禺南东区乡办事处驻地。
1950年5月，改为第二区。
1953年春，二区分为三区和四区，石楼为三区驻地。
1955年秋，改称石楼区。
1958年10月，三个大乡并为石楼团；同年12月，为石楼基层公社。
1959年3月，为石楼公社；同时析出莲花山和化龙两个公社。
1984年，为石楼区。
1987年，石楼区改为石楼镇。
2002年3月，莲花山镇并入石楼镇。