该村由沙港大乡分居此地，取名吉屿村。
1950年属六区沙港乡。
1952年以长陇、吉屿、围内、下埔四个村设置长吉乡，属六区。
1953年属赤坑区。
1956年并入沙港大乡。
1958年撤区建人民公社时期，属赤坑公社长吉大队。
1984年政社分设时期，属赤坑区长吉乡。
1987年撤区建乡镇时改为赤坑镇长吉村委会。
1989年改为长吉管理区办事处。
1995年设置吉屿管理区办事处。
1998年改设为吉屿村委会，一直沿用至今。