贝墩自秦朝赵佗在龙川建县以来，隶属龙川县。
设县治至和平始，贝墩为和平县所辖，属和平广三图。
清光绪三年（1877年），实行保安局、约制，县城设总局，下设8个分局，贝墩是其一。
清光绪十五年（1889年）始建贝墩约场。
民国十七年（1928年）贝墩为第三区（名曰四约）。
民国二十年（1931年），奉令举办自治。
1949年共和国建立后，成立贝墩乡人民政府。
1952年，联彭寨、粮溪、古寨、安垇、优胜鱼溪为第四区。
1958年，改为四联人民公社。
1959年，四联人民公社分出彭寨、贝墩1个人民公社。
1961年，贝墩人民公社分出贝墩、古寨、安坳3个人民公社。
1962年，设贝墩人民公社。
1983年，改名为贝墩区。
1987年，改为贝墩镇。