西汉，属高凉县。
东汉至陈，属高兴县。
隋开皇九年（589年）后，属石龙县。
明、清，设申一二都、申一三都，属化州缙绅乡。
民国十七年（1928年），设南安中、南安东、南安南、南安西、南安北、旺岭等乡，属化县第二区。
民国三十一年（1942年），设南安、南岐2乡，属化县第一区。
中华人民共和国成立后至1953年，沿袭南安、南岐2乡设置，先后属化县东区、化县一区。
1953年，改设石宁、霞山、旺岭、长岐、南安、南岭等乡，属化县一区。
1958年9月，设南安乡、东安乡，属同庆人民公社。
1961年9月，设南安人民公社、东安人民公社，属同庆区。
1963年1月，撤区并社设立长岐人民公社，驻地长岐圩，辖12个生产大队。
1983年10月，撤长岐人民公社改设长岐区，驻地长岐圩，辖12个乡。
1987年2月，撤长岐区改设长岐镇。