惠城区在陈后主祯明二年（588）前，先后为博罗、酉平、欣乐三县之辖地。
隋开皇九年（589），隋平陈后，废欣乐县置归善县，隶于循州。
惠城区从隋开皇九年（589）到清末（1911）均是归善县之辖地。
1911年11月9日，改县名为“惠阳”，惠城区为惠阳县之辖地。
1949年12月21日，原府城镇、县城镇和环城乡从惠阳县析出并为惠州镇（县级），隶属东江专区。
1953年，惠州镇降为区级镇，隶属惠阳县。
1958年4月，设惠州市（县级），隶属惠阳专区，11月，惠州市改称惠州镇，12月，再改称惠州人民公社，均隶属惠阳县。
1959年7月，惠州人民公社改称惠州镇（县级），隶属佛山专区和惠阳县（双重领导）。
1964年11月12日至1987年1月6日，复称惠州市（县级）。
1988年1月7日，惠州市（县级）改称惠城区，隶属惠州市（地级）。