始建于顺治元年（公元1644），因苏氏先祖应啟公率领同乡人南迁至此从事盐业、渔业，后陆续有李氏十四祖子捷公等南迁聚集而形成。
解放前为惠阳（二区）澳万乡妈庙村，1953年改为澳头区公所（八区）妈庙乡，1958年为澳头公社妈庙大队，1966年改为澳头公社建新大队，1982年为澳头区妈庙乡，1985年为澳头区妈庙管理区，1987年为澳头镇妈庙管理区，1993年为澳头办事处妈庙管理区，1999年为澳头办事处妈庙村，2008年为澳头街道办事处妈庙村委会，地名沿用至今。