明正德（1506-1521）年间，先后有人到来捕捞定居，分聚4个村落（即妈宫、大村、围仔、尾村），初名“南沙”，后改称南山。
1949年，称南山乡，属达濠镇（乡级）；1958年，撤销南山乡，设立南山公社，属红旗公社管辖；1959年，红旗公社拆为达渔公社和达农公社，公社以下设生产大队，设立南山大队，属达濠渔业公社；1975年，南山大队，归汕头市郊区达濠公社管辖；1980年，撤销达濠公社，属达濠镇；1983年12月，设立马滘街道和南山管理区，南山管理区属马滘街道；1987年3月，南山管理区改称为南山村委会，属马滘街道；1999年6月，设立南山居委会，属达濠区马滘街道；2003年，属濠江区马滘街道，沿用至今。