南磜镇从明末建县时称獠头，与石寨统称为石寨乡。
民国十年（1921年），仍称石寨乡，属县第五区。
中华人民共和国成立初期，划为第四区，石寨分为南磜、北礤两个乡。
1958年，蕉梅合县后并入梅东人民公社。
1961年3月，分出南磜人民公社，区域包括北礤乡。
是年9月，南磜人民公社分出北礤人民公社。
1983年，撒社成立南磜区。
1987年，成立南磜乡。
1993年10月，撤乡改称镇。
2004年10月，撤销北礤镇，并入南磜镇。