北宋以前，南水属于新会县。
南宋绍兴二十二年（1152年），划归东莞县的香山寨，后设立香山县（今中山市），属香山县黄梁都，隶属于广州府。
明嘉靖八年（1529年），广州府香山县在浪白设置市舶，属广州市舶司管辖，为明朝主要通商口岸之一。
民国十四年（1925年），香山县改为中山县，南水（包括北水、连湾）是中山县第七区（三灶区）的一个乡。
1953年，珠海从中山县划出，成为珠海县，南水是珠海县第三区（三灶区）的一个乡。
1958年，珠海县再度和中山县合并，成立三灶公社，南水为三灶公社的一个乡，高栏定为中山县地方国营盐场。
1961年，恢复珠海县，南水仍为三灶公社的一个乡，但连湾、北水从阐水划出，连湾划归平沙农场，北水被立为北水蚝场，直属广东省水产厅管辖。
1962年，南水从三灶划出，成立南水公社，管辖1条街道、17个村庄、18个海岛。
1979年3月5日，珠海县改为珠海市，南水为珠海市的一个公任。
1982年6月，南水公社改制为南水区公所。
1984年8月，珠海市设立县级建制的香洲区，南水属香洲区的一个区公所。
1987年4月，南水撤区建镇为香洲区南水镇。
1988年12月12日，珠海市设立行使县级权限的三灶管理区，南水镇、三灶镇及小林镇划归三灶管理区。
1993年，划归珠海港管理区管理。
1994年4月，南水镇从二社区独社孙分和国港管理区管辖。
1999年12月，南水被国务院体改办列为国家级小城镇综合改革试点镇，行使部分县级经济管理权限。
2001年4月4日，珠海市成立金湾区，南水、三灶、小林、平沙和红旗5个镇及金海岸街道划归金湾区管辖。
2006年7月3日，珠海临港工业区和南水镇实施“区镇合一”体制改革新模式，正式成立珠海高栏港经济区。