1946年，撤销连阳安化管理局，置连南县，县府驻三江城，辖连阳瑶民聚居区。
1953年1月，与连山县合并，把连县的三江和阳山的寨岗划入，成立连南瑶族自治区（县级）。
1954年3月，原连山县辖地划出，恢复连山县建制。
1955年9月，连南瑶族自治区改称连南瑶族自治县。
1959年3月，与连县、连山、阳山合并为连阳各族自治县。
1960年10月，阳山县划出，连阳各族自治县改称连州各族自治县。
1961年10月，撤销连州各族自治县，恢复连南瑶族自治县，属韶关地区管辖。
1988年1月，新建清远市，划归清远市管辖。