建于明嘉靖二十年（1541）前后，由陈氏荷坳一世祖陈康适之十世子孙陈士镇所建，至今已经有460多年的历史。
而在新中国成立后至1958年期间，一直划在惠州惠阳专区龙岗区龙岗镇管辖，但从1958年开始，划分到深圳的前身宝安县横岗镇管辖，当时荷坳和黄阁坑并乡统称为荷坑乡，在1964年时荷坑乡撤乡立队，荷坑乡分为荷坳大队和黄阁坑大队。
1980深圳特区成立，黄阁坑又划分到宝安县横岗镇范围，至到1993年撤县设区时，黄阁坑归龙岗区横岗镇，到了2005年，黄阁坑才被划到了现在的龙城街道。
人口也从80年代中后期的七百多人发展到现在的1290人左右。
2004年9月设黄阁坑社区居民委员会，原属横岗镇，2005年起属龙城街道。