历史上，先后隶属于南海郡番禹地（秦）、博罗县（汉三国）、宝安县（东晋咸和6年至唐至德二年），东莞县（送开宝五年，东莞县并入曾城先，本村属增城先，宋开宝六年1937年复置东莞县至明碗历元年）、新安县（万历元年1573年，析东莞县，置新安县，明万历元年至清康熙五年）、东莞县（清康熙五年至清末），宝安县（民国3年、1914年至中华人民共和国成立前）。
1949年10月至1951年属惠阳县第四区：1951年11月至1957年11月属惠阳县第七区；1957年12月至1958年3月属惠阳大鹏乡；1958年3月至1958年11月属惠阳大鹏公社；1958年11月至1983年7月属宝安县大鹏公社；1983年7月至1986年10月属宝安县大鹏区；1986年10月至1993年一月属宝安县南澳镇；1993年1月至今属深圳市龙岗区南澳街道。
2004年9月，东山村民委员会改为东山社区居委会，名称沿用至今。