据查在秦代时期隶属于南海郡番禺地，后汉、三国时期隶属于惠州署博罗县，东晋咸和六年至唐至德二年隶属惠州署宝安县，唐至德二年至明万历元年隶属东莞县，明万历元年至清康熙五年，隶属于新安县，清康熙五年至清末又划规为东莞县管辖，中华人民共和国成立前夕改为宝安县管辖。
1949年10月至1951年11月属惠阳县第四区，1951年12月至1958年3月为惠阳县大鹏乡，1958年11月至1983年7月属宝安县大鹏公社，1983年10月至1993年1月属宝安县南澳镇，今为深圳市龙岗区南澳街道。
1992年春成立南澳居委会。
2004年8月，经龙岗区政府批准转为深圳市龙岗区南澳镇南澳社区居民委员会，名称沿用至今。