据《宝安县志》（1997年版）记载，南湾街道所辖地域历史上曾先后隶属南交（夏、商、周）、南海郡番禺县（秦）、博罗县（汉、三国）。
晋咸和六年（332年）、唐至德二年（757年），属宝安县。
唐至德二年（757年）、明万历元年（1573年），属东莞县。
明万历元年（1573年），属新安县。
清康熙五年（1666年）至清康熙八年（1669年），属东莞县。
清康熙八年（1669年）至民国三年（1914年），属新安县。
民国三年（1914年）至1979年1月，属宝安县。
1949年10月，布吉乡隶属宝安县。
翌年4月，宝安县整编为4个区，布吉乡隶属第三区。
1952年10月，扩大区级建制，布吉乡改属第二区。
1953年7月，调整区划，布吉乡改属第八区。
1955年秋，第八区更名布吉区，布吉乡属之。
1958年3月，撤区并乡，布吉乡由宝安县直接管辖。
同年10月，撤销布吉乡和平湖乡，设立红旗公社。
翌年1月，红旗公社改称布吉公社。
1979年1月至1981年10月，属深圳市。
1981年10月至1992年12月，属宝安县。
1983年7月，布吉公社改为布吉区。
1986年8月，布吉改区为镇。
1993年1月，宝安撤县分设宝安、龙岗二区，布吉镇属龙岗区。
2004年，宝安、龙岗两区撤镇设街，布吉街道办仍属龙岗区管辖。
2006年4月，布吉街道“一分为三”，南湾街道成立。